GC content

대학원/바이오 2012. 4. 11. 00:29

출처: http://terms.naver.com/entry.nhn?docId=375803

출처: http://terms.naver.com/entry.nhn?docId=296795


GC content

DNA에서 4 종의 염기(A/C/G/T) 중 구아닌(G)과 시토신(C)의 비율. (A+T)/(G+C)의 비는 DNA의 종류에 따라 다른 값을 나타내며, GC 함량이 높을수록 DNA의 밀도가 높으며 변성이 잘 이루어지지 않음.

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Codon Bias

대학원/바이오 2012. 4. 10. 20:56

출처: http://kin.naver.com/qna/detail.nhn?d1id=11&dirId=1116&docId=129447134&qb=Y29kb24gYmlhcw==&enc=utf8&section=kin&rank=2&search_sort=0&spq=0&pid=gGdOEU5Y7uhssZwJ%2B6Cssc--343340&sid=T4QdmST3g08AAEw775o


codon bias

같은 아미노산을 지정하는 codon이 2종류 이상임에도 특정 종류의 codon이 다른 codon보다 더 많이 쓰이는 현상.


-> 두 종 간의 특정 codon들의 사용빈도가 유사할수록 진화상으로 연관성이 있을 가능성이 높아진다. 이러한 현상을 진화유전학 연구에 응용

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파일의 특정 행만을 확인하고 싶을 때

프로그래밍/LINUX 2012. 3. 28. 00:41


$ sed -n '<start>, <end>p' <input file>


출처: http://pplane.net/i/entry/리눅스명령어-sed#_post_538

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반올림 함수

프로그래밍/C/C++ 2012. 3. 28. 00:11



#include <cmath>

double round(double d) { return floor(d + 0.005); }

그냥 이렇게만 했을 때 이 floor()라는 함수는 버림 함수-_- 그 것도 정수 상태로 만들어주는!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
그래서 그냥 이렇게 하면 소수점 이하는 다 버리게 되는 셈. 누가 이걸 올려 놓은거야?-_-

따라서 

double round(double d, int pos) 

{ 

double tmp;

tmp = d * pow(10.0, pos);

tmp = floor(tmp + 0.5);

tmp *= pow(10.0, -pos);

return tmp; 

}


와 같이 pow() 함수를 써서 실제 소수점을 가지는 값을 원하는 소수점까지 정수 값으로 만든 후에
floor() 함수를 써서 나머지를 버린 후
그 값을 다시 원래의 double 형태로 만들어 준 다음에 return 하는 방식을 사용하여야 한다.
이 때 pow(base, expoent) 함수의 경우 앞선 base 가 되는 값이 double 형태로 쓰여 있어야지 오류가 발생하지 않는다!

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Single char to int

프로그래밍/C/C++ 2012. 3. 15. 21:35
char a = '1';
int b = a -'0'; 

출처: http://stackoverflow.com/questions/439573/how-to-convert-a-single-char-into-an-int 
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.bash_profile path 설정 시

프로그래밍/LINUX 2012. 3. 7. 02:08
리눅스 상에서 .bash_profile path를 설정할 때
$PATH:$HOME/bin 뒤에 덧붙일 경우
:<원하는 path 위치>로 하면 된다.  

[example]

PATH=$PATH:$HOME/bin:/myprog/new/
 

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리눅스&MacOS 쉘 스크립트(*.sh) 실행 방법

프로그래밍/LINUX 2012. 3. 7. 00:50
출처: http://ihoney.pe.kr/entry/리눅스-쉘-스크립트sh-실행방법

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프로그래밍/LINUX 2012. 3. 7. 00:29
출처: http://devtainer.blogspot.com/2011/04/os-bit.html

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리눅스 터미널에서 폴더 및 파일 별 색상이 나오지 않을 때

프로그래밍/LINUX 2012. 3. 6. 01:21
[in RedHat]

~$  에서
> vi .bash_profile  와 같이 bash_profile을 연 다음에
> alias ls="ls --color" 와 같이 입력하여 준다.

이후에는 ls 만 칠 경우에도 모두 색상이 들어가서 출력된다! 얏호
 

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vi editor에서 라인 번호 출력 및 해제

프로그래밍/LINUX 2012. 3. 2. 23:50
콜론 상태로 가서

라인을 나타내고 싶을 때: set nu
라인을 없애고 싶을 때: set nonu 

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