Bioinformatics/New Tech

BLAST local db setting

halloRa 2014. 1. 20. 14:58

출처: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=9452


vector trim을 위한 vector search를 위해 UniVec_Core 정보에 

blast를 돌리기 위하여 UniVec_Core 정보를 db화하여 blast에서 참조할 수 있도록 해야 하는데

이 때


makeblastdb -in UniVec_Core -dbtype nucl -out UniVec_core


와 같이 작성해서 돌리면 끝!


이 때 dbtype은 protein 정보일 경우 prot 이라고 적어주면 된다.